Nació el 30 de mayo de 1951 en San Solano distrito de San Pedro del Paraná, departamento de Itapúa, aunque se crió en la ciudad de Encarnación. Miembro de una familia humilde, sus padres, Guillermo Lugo y Maximina Mendez Fleitas (hermana del caudillo político Epifanio Méndez Fleitas, disidente del gubernamental Partido Colorado).
En 1969 obtiene el título de profesor de educación primaria. En 1970 ejerce la docencia en una escuela pública. En marzo de 1971 ingresó en el Noviciado de los Misioneros del Verbo Divino. En setiembre de 1972 profesa sus primeros votos y en 1975 sus votos perpetuos en dicha congregación misionera. En el Ecuador, como misionero, vivió de cerca los problemas sociales y comenzó a interesarse por la Teología de la Liberación. Trabajó además, con uno de los exponentes en Ecuador de dicha corriente teológica, monseñor Leonidas Proaño, conocido en los Andes ecuatorianos como “el obispo de los pobres”.
El 17 de abril de 1994 fue ordenado obispo y asignado a la diócesis de San Pedro, una de las regiones más pobres del país, donde se destacó por su apoyo a los campesinos sin tierra en unos momentos de fuerte conflictividad rural.
En marzo de 2006 impulsó la organización de Resistencia Ciudadana, que agrupó a los principales partidos políticos de la oposición, las cinco centrales sindicales y más de un centenar de asociaciones civiles del Paraguay. El 18 de diciembre de 2006 renunció a su ministerio sacerdotal para trabajar políticamente por los paraguayos y paraguayas.
Hoy, Fernando Lugo es candidato a la Presidencia de la República del Paraguay por la Alianza Patriótica para el Cambio.
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